Железнодорожные медики пережили тяжелые 90-е годы, максимально сохранили систему здравоохранения, ни на минуту не прекращая свою работу и внося весомый вклад в безаварийную работу. В 1998 году проходит реорганизация в железнодорожной медицине: детскую больницу реорганизуют в детское отделение Отделенческой больницы на ст. Казань, закрывается стационар в Узловой больнице на ст. Юдино, самостоятельные амбулатории на ст. Буа, Свияжск, Зеленый Дол, Васильево реорганизуются во врачебные здравпункты поликлинического отделения № 2 на ст. Юдино. В 2001 году Узловая больница на ст. Йошкар-Ола реорганизуется во врачебный здравпункт.
В дальнейшем проходит ряд реорганизаций ЛПУ и к 1 февралю 2005 года Отделенческая больница переходит в новую организационно-правовую форму – Негосударственное учреждение здравоохранения « Отделенческая больница на ст. Казань ОАО «РЖД».